As missões jesuítico-guarani tiveram sua história marcada pelas lutas contra os escravistas de Assunção e contra as expedições dos bandeirantes caçadores de escravos. A primeira fase das missões no Tape se encerra com as investidas dos bandeirantes na região, forçando os primeiros povoados reducionais a serem refundados na margem oeste do Rio Uruguai.

Batalha de M'bororé (1641)

No ano de 1641 trava-se a batalha de M'bororé, na qual se defrontam os guerreiros guarani com uma das maiores companhias de apresamento jamais formada nos territórios luso-brasileiros. A batalha durou três dias e se desenrolou nas margens e nas águas do rio Uruguai. Uma forte bandeira paulista de 1.500 homens, dentre os quais aproximadamente quinhentos brancos e mil guerreiros tupi, terminou vencida por uma recém-formada milícia de três mil indígenas guarani. Além de armados com suas armas convencionais (tacapes, arcos e flechas), os guarani contavam com alguns poucos suprimentos de armas dos jesuítas e com mosquetes cedidos pelas autoridades espanholas. Criava-se um curioso precedente e uma exceção histórica importante, no momento em que as autoridades coloniais armavam os guerreiros guaranis para fazer frente às investidas bandeirantes na região platina.

Reocupação da banda oriental

Apesar desta vitória, o sul do Brasil não voltou a ser imediatamente ocupado. O gado trazido pelos missionários, para apoiar economicamente as aldeias e as reduções permaneceu disperso, reproduzindo-se em liberdade e dando origem ao imenso rebanho que seria no futuro a riqueza da pecuária desta região.

Ainda que gradual, a reocupação da banda oriental sem a ameaça bandeirante permitiu aos Trinta Povos das Missões Jesuíticas se constituírem por um longo período com um espaço de liberdade e segurança relativas para os guarani.

Guerra Guaranítica (1754-1756)

As aspirações utópicas de uma vida comunitária e solidária começaram a ruir com o Tratado de Madri e a invasão dos exércitos português e espanhol para cumprir suas determinações diante da recusa dos indígenas.

Com a sua derrota, os guarani tiveram que acatar a transmigração para as missões do lado ocidental do rio uruguai. A Guerra Guaranítica representou um brusco final para a experiência missioneira, prevalecendo as normas de uma sociedade colonial escravista e os interesses das elites que comandava os grandes impérios da Espanha e Portugal.

Mesmo com a volta ao domínio espanhol em 1761, a confiança nos jesuítas e nas autoridades estava abalada. Iniciou-se o declínio do povoado, acentuado com a expulsão dos jesuítas dos territórios espanhóis em 1768 e a implantação da administração leiga espanhola.

Em 1801, a região das missões foi reconquistada pelos luso-brasileiros, resultando na desagregação e dispersão definitiva das comunidades guarani na banda oriental.